Hai đảo Nam Can và Bắc Can đều có sân bay, tên là Sân bay Mã Tổ Nam Can và Sân bay Mã Tổ Bắc Can. Trên Đông Dẫn và Cử Quang (Tây Cử) có sân đỗ trực thăng nhưng chỉ hoạt động vào mùa đông và ưu tiên cho cư dân đị phương đi đến Nam Can.[39]

Do sân bay chính nằm tại Nam Can, tàu là phương tiện giao thông chính giữa các đảo. Quần đảo Mã Tổ có các tuyến phà đến Trung Quốc đại lục, một tuyến từ cảng Phúc Áo của Nam Can đến Mã Vĩ của Phúc Châu mất 90 phút.[40] Một tuyến khác từ Bắc Can đến Hoàng Kỳ mất 20 phút.[41] Đông Dẫn có cảng Trung Trụ.

Đi lại bằng xe máy tay ga là điều thuận tiện khi thăm các đảo chính Nam Can và Bắc Can, dù có nhiều đồi dốc. Hai đảo đều có bus và taxi thương mại. Tháng 10 năm 2019, Trung Quốc đại lục công bố các kế hoạch ban đầu về cầu nối Phúc Châu và quần đảo Mã Tổ. Phía Đài Loan cho rằng điều này nhằm thôn tính và chia rẽ Đài Loan và rằng không cần thiết phải xây cầu nối Mã Tổ hoặc Kim Môn với Đại lục.[42]